申请互联网药品信息服务资格证书需要准备以下材料：
企业营业执照正、副本彩色扫描件。
公司固话、法人股东手机号、邮箱。
法人、股东身份证彩色扫描件。
2名药品相关人员毕业证书+身份证。
1名计算机相关人员毕业证书+身份证。
域名证书彩色扫描件。
除了以上材料，申请者还需了解国家食品药品监督管理总局的《互联网信息服务管理办法》相关规定，以及具备与开展互联网药品信息服务活动相适应的人员、设施及相关制度。同时，需要有两名以上熟悉药品、医疗器械管理法律、法规和药品、医疗器械知识，或者依法经资格认定的药学、医疗器械技术人员。
因为不同地区的食品药品监督管理部门对于申请材料的具体要求可能略有不同，申请者需要根据当地的要求进行准备。